錳砂過濾器的運行過程如下：

1.曝氣

根據水質情況采用深井水余壓射流曝氣或壓縮空氣曝氣等方式，管道混合溶氧，穩定可靠。曝氣法一方面是增加水中的溶解氧；二是驅除CO2，以提高水的PH值，使二價鐵氧化成三價鐵沉淀，然后再經過濾。

2.接觸氧化

濾料采用天然錳砂濾料，其具有催化和過濾雙層作用。天然錳砂的主要成分是二氧化錳（Mno2）它是將Fe2+氧化成Fe3＋的良好催化劑。當含鐵地下水的PH值＞5.5時，與天然錳砂接觸即可將Fe3＋氧化成Fe3＋。

3.吸附過濾

a.經錳砂濾層后去除Fe3＋形成的絮凝體（Fe(OH)3沉淀物）；

b.將大部分尚未氧化的Fe2+催化氧化作用和氧化的離子交換作用，以便除鐵。

錳砂除鐵機理，除了依靠它自身的催化作用外，還有在過濾時在錳砂濾料表面逐漸形成一層鐵質濾膜作為活性濾膜，能起催化作用。新生成的氧化鐵作為活性濾膜物質又參與新催化除鐵過程，所以活性濾膜除鐵過程是一個自動催化過程。錳的去除原理同二價鐵的去除方法相同。

4.錳砂過濾器反洗

錳砂過濾器系統可采用手動、自動控制兩種方法。要求定期對錳砂進行反洗，以去除可能截流的懸浮物等雜質，同時松動錳砂和墊層。由于過濾器內設反沖洗裝置，不需配備反沖洗水泵。